該当の記事の除外したいHTMLタグに以下の属性を付与することにより配信を制限できます。
data-remove-element="true"
目次記法に関しては、はてなブログMediaの仕様上、以下のようにdivを二重に設定していただく必要があります。
<div data-remove-element="true">
<div>
[:contents]
</div>
</div>
SmartNewsに配信する記事をワードごとに制限することもできます。詳細は「SmartNewsで一部の記事を配信しないようにする設定はできますか？」をご確認ください。